eMAFF申請とは？2026年10月開始の「eMAFF申請2.0」で何が変わるか、移行スケジュールと今やるべきことを解説

eMAFF申請とは

eMAFF申請（農林水産省共通申請サービス）は、農林水産省が所管する補助金・交付金や許認可などの手続きを、インターネット上で行えるシステムです。
 
利用者は、農業を営む個人や法人、農地の売買・転用を検討中の個人、食品関連事業者などです。対象となる手続きは、農地の売買・貸借や転用に関するもののほか、認定農業者制度、中山間地域等直接支払交付金、食品リサイクル法の定期報告など、農林水産業・食品産業の幅広い分野に及びます。
 
なお、eMAFF申請は本人が行うだけでなく、行政書士や税理士、団体職員などに委任して代行してもらうこともできます。この場合、代行者は自分のGビズIDでログインし、申請者の名義で入力や申請を進めるしくみです。
 
※参考：次期オンライン申請システム（eMAFF申請2.0）への移行と現行eMAFF申請の稼働終了のお知らせ（農林水産省）
 

eMAFF申請2.0とは？現行システムから何が変わるのか

2026年（令和8年）10月から、現行のeMAFF申請に代わって新しいシステムが導入されます。今後の手続きは、利便性と費用対効果を高めることを目的に作り直されたeMAFF2.0を使って進めることになります。
 
システムの更新による変更点は、以下のとおりです。
 

ログイン方法はGビズIDに統一される

eMAFF申請2.0では、申請者のログインIDがGビズIDに一本化されます。GビズIDは、デジタル庁が運用する事業者向けの共通認証IDで、多くの政府・自治体のシステムで採用されています。1つのIDとパスワードで複数の行政サービスにログインできるため、補助金の電子申請などですでに取得している場合、同じアカウントを使えます。
 

わかりやすい画面と入力補助機能が搭載される

eMAFF申請2.0の申請画面や承認画面では、見やすさや表示内容が改善されています。入力補助機能も活用されており、どこに何を入力すればよいか迷わずに進められるよう工夫されています。
 
たとえば、申請者情報の欄にはGビズIDに登録されたアカウント情報が自動で入力されます。前年度の申請や似た内容の申請がある場合は、過去の申請内容をコピーして使うことも可能です。毎年同じような手続きをしている人にとっては、入力の手間やミスを減らせる点がメリットです。
 

入力不備・添付漏れのエラーチェックが強化される

eMAFF申請2.0では、入力内容の不備や添付資料の漏れを確認するエラーチェック機能が強化されました。必要な項目が抜けたまま申請ボタンを押すと、画面上にエラーが表示され、修正を求められるしくみです。提出後に書類の不備で差し戻されるケースを減らせるため、申請者・審査する行政側の双方にとって手間の削減が期待されています。
 
また、入力の途中で作業を中断したいときは、一時保存の機能を使えます。ただし、入力中にブラウザの「戻る」や「再読み込み」ボタンを押すと、それまでの内容が消えてしまうので注意が必要です。
 

通知・帳票機能が拡充される

審査結果の通知書などの帳票は、入力内容をもとに自動で作成され、システム上で申請者に届けられるようになります。これまで紙や別の方法で受け取っていた書類も、eMAFF申請2.0の中で確認しやすくなる見込みです。
 
さらに、手続きごとに通知・連絡機能を設定できるようになり、行政とのやり取りをシステム上で完結しやすくなりました。提出した申請の審査状況は申請履歴の画面から確認できるため、今どの段階にあるのかを把握したいときにも便利です。
 

eMAFF申請2.0への移行スケジュール

eMAFF申請2.0への切り替えは、すべての手続きが一斉に移るのではなく、制度ごとに時期をずらして進められます。そのため、同じ農林水産省の手続きでも、ある制度はすでに新システムで申請でき、別の制度はまだ現行システムで受け付けているという期間が生じます。
 
自分が使う手続きの切り替え時期を把握しておかないと、申請先を間違えたり、締め切りに間に合わなかったりするおそれがあります。ここでは、移行の大まかな流れと確認のポイントを整理します。
 

利用開始日は制度ごとに異なる（制度移行日の一覧）

eMAFF申請2.0が利用できるようになる時期は、制度によって異なります。農林水産省が公表している各制度の申請システムの切り替え時期は、下記のとおりです（令和8年9月18日時点）。なかには、eMAFF申請2.0ではなく別のシステムやExcelでの運用に移る制度もあるため、移行先もあわせて確認しておきましょう。
   
※参考：農林水産省関係の主な申請手続の一覧（農林水産省）
 

現行eMAFF申請は令和9年3月中旬に稼働終了

現在のeMAFF申請は、令和9年3月中旬に稼働を終える予定です。これにあわせて、現行システムで使われている「e.maff.go.jp」などのドメインも利用できなくなります。ブックマークやお気に入りに現行システムのページを登録している場合、終了後はアクセスできなくなる点に注意しましょう。
 

現行システムでの申請受付は制度ごとに順次停止

現行eMAFFでの申請や審査は、各制度がeMAFF申請2.0へ移るタイミングにあわせて、順番に停止されていきます。つまり、令和9年3月中旬の稼働終了を待たずに、現行システムで申請できなくなる制度も出てくるということです。たとえばJAS制度であれば、令和8年10月21日で現行eMAFFでの受付が終わり、翌日から新システムに切り替わります。
 
農林水産省は、切り替え前後の混乱を避けるため、期日に余裕をもって申請することを呼びかけています。受付終了日の直前に申請しようとすると、入力の不備などで間に合わなくなるリスクがあるため、早めの対応を心がけましょう。
 

自分の手続きはどうなる？対象制度の3つの区分

eMAFF申請2.0への切り替えにあたって、現行eMAFFで扱っていた制度がすべて新システムに移るわけではありません。農林水産省は、制度ごとの申請件数などを踏まえて、新システムに移すもの、新システムから新たにオンライン申請を始めるもの、メールなど別の方法に切り替えるものに分けています。自分の手続きがどの区分に当たるかによって、準備すべきことも変わってきます。ここでは3つの区分の違いと、その確かめ方を説明します。
 

①eMAFF申請2.0へ移行する制度

現行eMAFFで申請を受け付けていて、eMAFF申請2.0でも申請できる手続きとして、下記が挙げられます。
 
■農地・農業経営・農業団体に関する制度

• 農地制度（農地法3条・3条の3・6条・6条の2関係、農地転用の届出関係）
• 認定農業者制度
• 農業経営基盤強化準備金制度
• 農業保険のうち農業共済（農業共済組合等による申請）
• 農業協同組合法に基づく手続き

 
■交付金・事業に関する制度

• 中山間地域等直接支払交付金
• 多面的機能支払交付金
• 中山間地農業ルネッサンス事業
• 鶏卵生産者経営安定対策事業
• 土地改良財産の他目的使用・収益の承認など

 
■食品・流通・検査などに関する制度

• JAS制度
• 輸出検疫（目視検査・栽培地検査・精密検査・消毒検査）
• 中国向け輸出農林水産物・食品施設認定
• 関税割当申請
• 指定種苗制度
• 農薬取締法に基づく手続き
• 獣医師法第22条の届出
• 動物薬事申請（業許可、承認申請など）

 
■水産に関する制度

• まぐろ類の輸入に係る報告の徴収
• 特定水産動植物等の国内流通の適正化等に関する法律に基づく手続き
• 水産基盤整備事業
• 地方創生推進交付金（水産庁所管分）
• 漁港機能増進事業

 
これらの制度を利用している人は、GビズIDを用意したうえで、移行時期にあわせて新システムでの申請に切り替えることになります。なお、農地制度のうちeMAFF申請2.0の対象として示されているのは、農地法3条関係などの手続きと、農地転用の届出です。農地転用の許可申請（農地法4条・5条）をオンラインで行えるかどうかは、申請先の農業委員会などに確認しておきましょう。
 

②eMAFF申請2.0から新たにオンライン申請できる制度

2つ目は、これまで現行eMAFFでは受け付けていなかったものの、eMAFF申請2.0から新たにオンライン申請ができるようになる制度です。農林水産省の一覧では、以下の制度が挙げられています。
 

• 環境配慮のチェック・要件化
• 食品リサイクル法の定期報告
• 米穀等取扱事業者届出・報告
• 農業保険（農業者による加入申込）
• 地域農業経営基盤強化促進計画（地域計画）
• 林業作業士等研修修了者名簿への登録（大臣登録）

 
これらの制度では、紙や別の方法で手続きをしていた人も、今後はeMAFF申請2.0からオンラインで申請できるようになります。ただし、農業保険の加入申込のように共済の種類によって開始時期が未定のものや、地域計画のように開始時期を検討中のものもあります。初めてシステムを使う人が多いと考えられるため、GビズIDの取得など、事前の準備に余裕をもっておくと安心です。
 

③メール等での申請に変更される制度

3つ目は、eMAFF申請2.0には移らず、メールなど別の方法での申請に切り替わる制度です。農林水産省は、①と②に当たらない制度のうち、年間の申請件数が100件未満と少ないものについては、申請方法をメール等に変更するとしています。
 
たとえば輸出検疫では、目視検査などの主な手続きはeMAFF申請2.0へ移りますが、それ以外の手続きはメール等での受付になります。中山間地農業ルネッサンス事業でも、令和8年度の計画に関する手続きは、現行eMAFFの稼働終了後はメール等で対応するとされています。
 
また、メールではなく、eMAFF申請2.0とは別のシステムや方法に移る制度もあります。主な例は以下のとおりです。
 

• 経営所得安定対策、水田活用の直接支払交付金→経安申請システム（BAMS）
• 飼養衛生管理基準→個別のシステム
• 環境保全型農業直接支払交付金→Excelベースでの運用
• 農業経営改善関係資金、農林漁業セーフティネット資金→日本公庫ダイレクト
• 保安林制度→移行先は未定

 
これらの制度では、現行eMAFFの稼働終了にともない、これまでと同じ方法での申請ができなくなります。具体的な申請方法は制度ごとに案内されるため、該当する制度を利用している人は、担当部署からのお知らせを確認しておきましょう。
 

eMAFF申請2.0の利用を始めるまでの流れ

eMAFF申請2.0を初めて使うときは、GビズIDの準備から申請の提出、審査結果の確認までを順番に進めていきます。現行eMAFFを使っていた人も、新システムでは画面や操作の手順が変わるため、流れをひととおり把握しておくと戸惑わずに済むでしょう。
 
※以下、参考・画像引用：eMAFF2.0申請スタートアップガイド（農林水産省）、eMAFF2.0申請操作マニュアル（農林水産省）
 

ステップ1：GビズIDでeMAFF申請2.0にログインする

まずはパソコンやスマートフォンのブラウザからeMAFF申請2.0のページ（リンク）にアクセスし、ホーム画面で「ログイン」を押します。続いて「GビズIDでログイン」を選ぶと、GビズIDのログイン画面に移ります。
 

 
ここでGビズIDとパスワードを入力し、メールで届くワンタイムパスワードを入力すれば認証は完了です。初めてログインするときは利用規約とプライバシーポリシーの確認画面が表示されるので、内容を確かめて同意すると、eMAFF申請2.0の画面に入れます。
 

ステップ2：申請手続きを選び、入力・書類添付をする

ログインしたら、トップ画面の「手続検索」から、申請したい手続きを探します。検索条件を設定して該当する手続きを表示させ、「手続詳細を表示」で内容を確認したうえで、「申請を開始」を押すと申請の編集画面に進みます。
 
▼手続検索の開始画面

 
▼手続詳細画面の確認方法（パソコンの場合）

 
編集画面では、手続きごとに決められた項目を入力し、必要な書類をファイルで添付して、同意事項があればチェックします。すべての入力が終わったら「申請」ボタンを押し、確認画面で内容を見直してから、もう一度「申請」を押せば提出は完了です。
 
▼編集画面における項目の入力方法

 
入力に不備がある場合は、確認画面に進む前にエラーが表示されるので、該当する項目を修正してから再度申請します。途中で作業を中断したいときは「一時保存」を使えば、それまでの入力内容を残しておくことが可能です。
 
▼一時保存の方法

 
▼一時保存した情報から入力を再開する方法（ログイン後画面）

 

ステップ4：審査結果・通知を確認する

申請を提出した後の審査状況を確認したいときは、eMAFF2.0申請ページにログインした後「申請履歴・一時保存」をクリックしましょう。申請履歴の一覧では手続きごとの状況が表示されるため、今どの段階まで進んでいるかを把握できます。
 
▼申請状況の確認方法

 
審査の過程で行政側から修正や追加書類を求められた場合も、申請履歴の画面から対応する流れです。審査結果の通知書などの帳票も、手続きによってはシステム上で受け取れるようになっています。自分での入力や審査対応に不安がある人は、代理申請の仕組みを使って、行政書士などに入力や手続きを任せることもできます。
 

現行eMAFFの申請データは2027年3月上旬までに保存を

現行eMAFFは2027年（令和9年）3月中旬に稼働を終え、その後はログインできなくなります。これまでにシステム上で申請した内容や、行政から届いた通知書などを後から見返したい場合は、使えるうちに自分で保存しておかなければなりません。
 
農林水産省は、現行eMAFFを利用できる2027年3月上旬までにデータをダウンロードし、パソコンなどに保管するよう呼びかけています。ここでは、データ保存が必要な理由と方法、保存しておきたいデータの例を紹介します。
 

申請データが自動で移行されない制度が多い

eMAFF申請2.0へ移行する制度であっても、現行eMAFFで申請・承認されたデータが新システムへ引き継がれるとは限りません。たとえば関税割当申請では、現行eMAFFのデータは新システムに移行しないと案内されています。
 
自分の制度でデータが引き継がれるかどうかは、制度の担当窓口に問い合わせて確認するのが確実です。判断がつかない場合は、引き継がれないものと考えて、自分でダウンロードしておくと安心でしょう。
 

申請データ・交付決定通知書等のダウンロード方法

現行eMAFFの申請データの出力方法は、申請者向けのWikiにある「申請データの出力」のページや、申請者マニュアル（v4_3）の第5章「申請情報を出力する」で説明されています。これらのページには、現行eMAFFのトップページ右下にある「Wiki」や「マニュアルから探す」からもアクセスできます。
 
ダウンロードの作業は、ログインできなくなる直前に行うと、思わぬトラブルで間に合わなくなるおそれがあります。特に、複数の年度にわたって申請してきた人は保存するデータの量も多くなるため、時間に余裕をもって進めておきましょう。
 

保存しておきたいデータの例

どのデータを保存しておくべきかは、手続きの内容や今後の利用予定によって変わります。一般的には、以下のようなデータを残しておくと、翌年度以降の申請や、行政とのやり取りで内容を確認したいときに役立ちます。
 

• 過去に提出した申請書の内容（入力データ）
• 申請時に添付した書類
• 交付決定通知書や審査結果の通知書
• 実績報告など、申請後に提出した書類

 
交付金や補助金に関わる書類は、一定期間の保管が求められる場合もあります。後から必要になって困ることがないよう、迷ったものは保存しておくとよいでしょう。
 

農地転用などの申請で迷ったら行政書士に相談を

eMAFF申請2.0は、画面の見やすさや入力補助機能が改善され、以前より使いやすいシステムになりました。とはいえ、システムの操作に慣れることと、手続きの中身を正しく理解して書類をそろえることは別の問題です。
 
とくに農地転用や農地の売買・貸借に関する手続きは、要件の確認や添付書類の準備に手間がかかり、初めての人には判断に迷う場面も少なくありません。ここでは、農地に関する手続きとeMAFFの関係や、行政書士に相談するメリットを紹介します。
 

農地の許可・届出はeMAFFでも申請できる

農地を農地以外の用途に変える農地転用（農地法4条・5条）や、農地の売買・貸借に必要な許可（農地法3条）などの手続きは、eMAFFでもオンラインで申請できます。これらの農地制度はeMAFF申請2.0へ移行する制度に含まれているため、切り替え後も引き続きオンラインで手続きを進めることが可能です。
 
ただし、農地に関する手続きは、市町村の農業委員会や都道府県が窓口となり、地域ごとに運用が異なる部分もあります。オンラインでの受付状況や、事前相談の必要性などは、申請先の農業委員会にもあわせて確認しておくと安心でしょう。
 

システム移行期は書類不備や手続き遅れに注意する

現行eMAFFからeMAFF申請2.0へ切り替わる時期は、申請者にとっても行政にとっても、慣れない操作が重なりやすいタイミングです。どちらのシステムで申請すればよいかを取り違えたり、新しい画面の操作に手間取ったりして、予定より手続きが遅れることも考えられます。
 
とくに農地転用は、許可が下りるまで工事や土地の引き渡しに進めないケースが多く、手続きの遅れが事業計画や売買のスケジュールに直接影響します。入力画面のエラーチェックは強化されたものの、申請内容そのものが許可の要件を満たしているかまでは判断してくれません。書類の不備で差し戻されると、その分だけ許可までの期間が延びてしまうため、提出前の確認は慎重に行う必要があります。
 

行政書士に手続きを依頼するメリット

行政書士は、許認可・補助金申請を得意分野とする専門家です。行政書士に依頼すれば、許可・届出を要するか否かの確認から、各種手続きの要件の確認、申請書や添付書類の作成、そして市町村役場との事前相談まで任せられます。
 
eMAFF申請2.0には代理申請のしくみがあるため、システムの操作に不安がある人でも、行政書士に入力や提出を代わりに行ってもらえます。申請者自身がシステム移行の細かな変更点を追いかける必要がなくなる点も、依頼するメリットといえるでしょう。農地転用とあわせて開発許可など別の手続きが必要になる場合も、全体の流れをふまえて進めてもらえるため、手続き漏れや二度手間を防ぎやすくなります。
 

まとめ

eMAFF申請2.0は、ログインをGビズIDに一本化し、入力補助やエラーチェック、通知機能などを強化した新しいオンライン申請システムです。2026年（令和8年）10月から制度ごとに順次切り替えが進み、現行eMAFFは2027年（令和9年）3月中旬に稼働を終える予定となっています。
 
システム内での手続きは、システムの操作以上に、要件の確認や書類の準備に手間がかかります。今回の移行期の慌ただしい時期に書類の不備で差し戻されると、工事や売買のスケジュールにも影響しかねません。あらかじめ行政書士に相談し、ミスなくスムーズに手続きできるようにしておくと安心です。